La fin de l'année 2008 s'est montrée chargée sur le dossier des OGM. Le 9 décembre, la France a écopé d'une amende de 10 Me sanctionnant son retard à transposer la directive 2001/18/CE sur la dissémination volontaire des OGM dans l'environnement. Au même moment, l'Efsa, l'autorité européenne de sécurité des aliments, se montrait favorable à la mise sur le marché du maïs OGM de Pioneer résistant aux insectes (59122x NK603), et la Commission autorisait l'importation et l'utilisation dans l'UE du Mon 89788, le soja « Round up ready 2 » de Monsanto. En parallèle, le conseil des ministres de l'Environnement, présidé par la France, se prononçait pour la révision du cadre juridique entourant l'évaluation des impacts environnementaux et socio-économiques des OGM. Cinq axes d'action ont été abordés, dont : fixer des seuils d'étiquetage de présence fortuite d'OGM les plus bas possibles et permettre aux États membres de créer des zones « sensibles et/ou protégées » sans OGM. C'est précisément pour fixer les règles de coexistence entre cultures OGM et traditionnelles qu'a été officiellement créé en France le Haut Conseil des biotechnologies, en vertu d'un décret paru le 7 décembre. Inspiré par la loi du 25 juin 2008, il s'est réuni pour la première fois le 11 décembre en présence de toutes les filières agricoles, mais a achoppé sur un projet d'arrêté fixant à 50 m la distance pour isoler les parcelles d'OGM. Peu avant, la commune de Thor (Vaucluse) se voyait reconnaître le droit de s'opposer à la culture d'OGM sur son territoire, désavouant la préfecture. Enfin, le mois s'est achevé par le rejet quasi unanime par les sénateurs et députés de la candidature du scientifique Jean-Luc Darlix à la présidence du Haut Conseil, lequel bénéficiait du soutien du gouvernement.