Un décret fixe le régime d'évaluation des incidences de certains plans ou projets sur les sites Natura 2000. Dans le cadre d'un contentieux initié par la Commission européenne, la loi du 1er août 2008 sur la responsabilité environnementale a proposé une nouvelle version de l'article L.414-4 du Code de l'environnement reposant sur un système de listes positives des plans et projets à soumettre à l'évaluation des incidences sur les sites Natura 2000. Les opérations soumises à un régime administratif d'autorisation, d'approbation ou de déclaration au titre d'une réglementation distincte de Natura 2000 doivent désormais faire l'objet d'une évaluation de leurs incidences dès lors qu'elles figurent soit sur une liste nationale établie par décret, soit sur une liste locale complémentaire arrêtée par l'autorité préfectorale. Les opérations non soumises à encadrement peuvent quant à elles faire l'objet d'une évaluation de leurs incidences à la condition qu'elles figurent sur une liste locale. Un premier décret du 9 avril 2010 est venu fixer le contenu de la liste nationale d'activités - au nombre de 28 - relevant d'un encadrement juridique, les conditions d'adoption des listes locales ainsi que la procédure d'évaluation. Le décret du 16 août 2011 représente ainsi le second volet de ce dispositif réglementaire. Ce texte définit la liste nationale de référence en application du IV de l'article L.414-4 pour certaines activités ne relevant d'aucun régime juridique et organise le dépôt et l'instruction des dossiers de demande. Il comporte par ailleurs des dispositions d'application de l'article 125 de la loi Grenelle 2 qui a introduit une «clause filet» dans l'article L.414-4 (IV-bis), ouvrant à l'autorité administrative la possibilité de traiter au travers de l'évaluation des incidences toute opération ne figurant pas sur l'une des trois listes précitées mais néanmoins susceptibles de porter atteinte aux objectifs de conservation des sites Natura 2000. L'article R.414-27 du Code de l'environnement, qui fixe la liste nationale de référence, distingue 36 types d'activités ne relevant d'aucun régime d'encadrement administratif et parmi lesquels les préfets viendront choisir les items appropriés pour établir des listes locales d'activités soumises à évaluation des incidences Natura 2000.