Si elle agit fortement depuis 2007, au travers de contrats de bassin notamment, pour la protection de l'eau, la question des enjeux d'une gouvernance publique est revenue plus récemment dans le débat. Pour y répondre, Jean-Paul Huchon et Hélène Gassin, vice-présidente chargée de l'environnement, veulent donner un nouvel élan démocratique, écologique et social à la politique francilienne de l'eau en favorisant le droit à une eau de qualité accessible pour tous les Franciliens (dont les plus démunis), renforcer le service public de l'eau et soutenir l'innovation. Qui dit droit à l'eau, dit d'abord protection de la qualité de la ressource. Pour y parvenir, la Région mène plusieurs actions comme la suppression de l'usage des produits phytosanitaires par les collectivités. Les aides de la politique de l'eau de la Région sont d'ailleurs conditionnées aux engagements des collectivités vers le « zéro phyto ». Des aides majorées pour les projets exemplaires en matière de développement durable ; la restauration écologique des berges, marais et zones humides ; le développement de l'agriculture biologique. La Région veut aussi donner aux collectivités les moyens de s'émanciper de la tutelle des grands groupes et revenir ainsi à une gestion 100 % publique par le biais de régie ou de sociétés publiques locales. Pour aider les collectivités franciliennes à reprendre en main la gestion de l'eau la Région a décidé de créer un « Espace public régional de l'eau » rassemblant associations, représentants d'usagers, collectivités et syndicats intercommunaux volontaires. Elle proposera également des aides à l'ingénierie aux collectivités qui s'impliquent directement auprès des agriculteurs pour une réduction d'intrants. La Région a consacré 225 M€ à la politique de l'eau depuis 2007.