Les différents acteurs du Marais poitevin sont appelés à reprendre les négociations sur le projet de parc naturel régional (PNR), appellation gagnée en 1979 mais perdue en 1997 en raison de la dégradation des milieux naturels. Le ministre de l'Écologie, Jean-Louis Borloo, n'a pas validé la charte en l'état actuel, en raison de « l'extrême fragilité juridique du dossier » qui lui a été présenté. Sur les 75 communes appelées à se prononcer, 26 avaient émis un avis défavorable, tout comme le conseil général de Vendée. Celles-ci se seraient vues exclues du périmètre du parc. Flou autour du financement et de la gestion de l'eau, omnipotence du syndicat mixte, décalage avec la réalité du marais... Les raisons invoquées sont multiples. Les désaccords reposent surtout sur des conflits d'usage, notamment pour l'eau et l'agriculture. La charte prévoit de favoriser l'élevage extensif et de s'engager dans la reconquête d'espaces cultivés en maîtrisant le drainage. Les élus vendéens exigent un nouveau document tenant compte de tous les acteurs et « n'opposant pas de façon artificielle agriculture et protection de l'environnement ». Le syndicat mixte du parc interrégional, puisque tel est pour l'instant son statut, ne l'entend pas de cette oreille. « Reprendre les négociations prendrait plusieurs années et ne ferait que retarder le projet, estime son président, Yann Hélary. Le Marais poitevin est un écosystème fragile dont l'équilibre dépend étroitement de la gestion hydraulique. Par cette décision, le gouvernement soutient une minorité d'agriculteurs dont l'unique volonté est de poursuivre l'assèchement de la zone humide. » Avec les présidents des Régions Poitou-Charentes et Pays de la Loire, il a saisi le Conseil d'État. Le Marais poitevin est le seul PNR à avoir perdu son label.