La Région Bourgogne va se substituer à l'État pour expérimenter la gestion des canaux à petit gabarit. Elle prendra en charge pour trois ans 567 km de voies navigables, 125 km de rigoles, 385 écluses, 15 barrages réservoirs et 4 étangs. Les élus visent la protection du patrimoine, le développement touristique et la préservation des ressources en eau. VNF met à disposition son personnel, soit 433 équivalents temps-plein.