La convention sur l'hydroélectricité, qui est encore l'objet de discussions, envisagerait d'augmenter la production hydroélectrique de 7 terrawatt/heure (TWh) par an d'ici à 2020, dont 2 à 3 TWh pour la petite hydroélectricité. Bernard Rousseau, responsable des politiques eau de France Nature Environnement (FNE), s'alarme : « Les microcentrales sont situées sur des hauteurs de chutes en général comprises entre deux et cinq mètres : leur production est très faible. Pour obtenir 2 à 3 TWh de plus par an, il faudrait construire plusieurs centaines, voire plusieurs milliers, de microcentrales pour un rendement électrique minime. Je suis contre le fait de signer une convention qui va détruire ce qu'il nous reste de tronçons de rivières vivantes, en contradiction avec les objectifs de continuité écologique imposés par la directive-cadre sur l'eau (DCE), et cela pour un gain en termes de CO2 minime. » La position du syndicat France Hydro-Électricité, qui regroupe 300 producteurs exploitant quelque 550 centrales, est diamétralement opposée. Anne Pénalba, sa présidente, estime que « le potentiel de production a été identifié par un inventaire des agences de bassin, il n'a pas été inventé pour faire plaisir aux hydroélectriciens... La table ronde a justement pour but de mettre en cohérence les objectifs de la DCE et ceux des énergies renouvelables ». D'après elle, un tiers de la production supplémentaire demandée à la petite hydroélectricité pourrait être fournie par de nouveaux barrages, un tiers par l'aménagement des seuils existants, et un tiers par l'amélioration des rendements du parc en place. « L'idée n'est pas de bétonner toutes les rivières : il faudra produire de l'hydroélectricité là où les conditions environnementales et économiques le permettent », poursuit-elle. Alexis Delaunay, directeur du contrôle des usages et de l'action territoriale à l'Onema, tempère : « On sait faire des microcentrales qui respectent l'environnement. Elles sont équipées de passes à poissons bien entretenues et de grilles à écartement fin devant les turbines pour permettre la dévalaison. Nous n'avons pas de position de principe : chaque projet doit comporter une étude environnementale et être étudié au cas par cas. » Restent les autres espèces : petits mammifères comme la loutre ou le campagnol amphibie, végétaux... Il faudra dans le cadre de la trame bleue respecter ou restaurer leurs habitats, alors que les barrages ont tendance à les fragmenter.