Une instruction, mise en ligne par le ministère de l'Écologie le 24 février 2014, prévoit des outils pour mieux articuler deux directives connexes : la DCE et de la DCSMMM. La directive-cadre sur l'eau (DCE) et la directive-cadre stratégie pour le milieu marin (DCSMM) partagent l'objectif d'atteinte du bon état des eaux, en particulier pour les eaux côtières. C'est pourquoi, le gouvernement entend profiter de l'élaboration en cours des plans d'action pour le milieu marin (Pamm) et la révision des schémas directeurs d'aménagement et de gestion des eaux (Sdage) pour améliorer l'articulation entre ces deux textes à l'origine de ces documents de gestion. L'instruction préconise tout d'abord une coordination des structures de gouvernance. La présence des élus et acteurs intervenant dans l'élaboration des schémas d'aménagement et de gestion des eaux (Sage) serait en particulier « de nature à optimiser la cohérence des deux directives ». Afin d'articuler au mieux le contenu des deux documents de gestion, l'instruction revient ensuite sur les étapes clés de leur processus d'élaboration. S'agissant de l'état de lieux (DCE) et de l'évaluation initiale (DCSMM), la mise à jour permettra de porter « une attention particulière » aux thématiques conjointes, en s'assurant de la cohérence des méthodes d'évaluation. Une implication réciproque des instances de gouvernance propres à chaque directive est également prévue lors de l'élaboration des objectifs opérationnels d'ici à 2015 pour la DCSMM et lors de la mise à jour des Sdage qui concernent les eaux littorales. Par ailleurs, le programme de surveillance DSCMM – qui doit être adopté pour mi-2014 – intègrera les dispositifs de suivi prévus par le programme de surveillance de la DCE qui devra, quant à lui, intégrer « des évolutions permettant de répondre aux enjeux de la surveillance DCSMM » lors de sa révision. Enfin, la dernière étape essentielle d'articulation concernera les programmes de mesures. Des tableaux synthétiques en annexe présentent les processus d'élaboration des mesures en fonction des types de pressions et de leurs zones d'origine.