Parmi les défis techniques à lever pour permettre la fabrication de carburant à partir de micro-algues, la récolte tient une bonne place. En effet, séparer l'eau des micro-algues se fait généralement par centrifugation, un procédé énergivore. Aussi, le procédé Enalgy de l'allemand Flottweg ne manque-t-il pas d'intérêt. Il promet, en effet, un investissement réduit de 25 % (pour une installation de 120 m3/h en sortie de réacteur), et des coûts opérationnels (eau, énergie, etc.) réduits de 60 %. Pour cela, Flottweg propose un procédé en deux étapes. Dans un premier temps, la culture de micro-algues est préconcentrée avec un bac statique ou une flottation à l'air dissous. Ensuite, l'extraction de l'eau se fait par centrifugation, permettant d'atteindre une siccité de 22 à 25 %.